Tezuka Osamu qua đời vì bệnh ung thư dạ dày vào ngày 9 tháng 2 năm 1989 ở Tokyo, hưởng thọ 60 tuổi. Những lời nói cuối cùng của ông là "Tôi xin anh, hãy để tôi làm việc!"; ông nói với một y tá đã cố gắng lấy đi dụng cụ vẽ của mình.[11]

Năm 1994, tại thành phố Takarazuka nơi mà Tezuka được sinh ra, người ta đã xây một bảo tàng để tưởng nhớ ông.[3] Năm 1997, những con tem có hình của Tezuka cũng đã được sản xuất. Cũng bắt đầu từ năm 2003, công ty đồ chơi Nhật Bản Kaiyodo đã sản xuất một loạt các sản phẩm đồ chơi dạng tượng dựa trên các nhân vật trong các tác phẩm của Tezuka, bao gồm Princess Knight, Unico, Hi no Tori hay Phoenix, Dororo, Marvelous Melmo, Ambassador Magma và nhiều tác phẩm khác. Cho đến hiện tại, đã có ba loạt sản phẩm được đưa ra thị trường. Một loạt sản phẩm độc lập khác về Astro Boy cũng đã được sản xuất. Các lịch treo tường về Tezuka hàng năm là một hoạt động truyền thống của người hâm mộ Tezuka khắp Nhật Bản.

Di sản của ông vẫn tiếp tục được tôn vinh trong số các mangaka và nhà làm chuyển động. Các nghệ sĩ như Miyazaki Hayao (Sen và Chihiro ở thế giới thần bí) và Toriyama Akira (Dr. Slump và Dragon Ball)[12] đã trích dẫn Tezuka như là nguồn cảm hứng cho các tác phẩm của họ.

Từ 2003 tới 2009, Urasawa Naoki và Nagasaki Takashi đã chuyển thể một phần của truyện Astro Boy thành loạt truyện tranh vụ án giết người bí ẩn Pluto.[13]

Khoảng đầu thế kỉ 21, Tezuka Makoto, con trai của Tezuka Osamu đã thành lập công ty Tezuka Productions để tiếp tục sự nghiệp của cha.

Tezuka từng là bạn (và ảnh hưởng rõ rệt về mỹ thuật) của một họa sĩ truyện tranh Brazil nổi tiếng, Mauricio de Sousa. Năm 2012, Maurício xuất bản một loạt truyện hai kỳ trong loạt truyện Monica Teen, trong đó có xuất hiện một số nhân vật chính của Tezuka, như Astro Boy, Black Jack, Sapphire và Kimba, tham gia cùng Monica và bạn của cô trong một chuyến phiêu lưu trong rừng mưa Amazon chống lại một tổ chức buôn lậu đang chặt hạ hàng trăm ngàn cây. Đây là lần đầu tiên Tezuka Productions cho phép các nghệ sĩ nước ngoài sử dụng các nhân vật của Tezuka.[14]